En el puerto nace el denominado corredor logístico Guaymas-Arizona, sin barreras naturales de consideración (puentes, pendientes muy pronunciadas, túneles etc.), lo cual representa una opción atractiva para el transporte multimodal entre países con litorales en el Océano Pacífico y el mercado del sur de los Estados Unidos y el norte de México, mediante la utilización de Ferrocarril Mexicano, S.A. de C.V. (Ferromex), Union Pacific (UP), Pacer Stacktrain, Burlington Northern Santa Fe (BNSF) y CSX, ofreciendo un servicio transcontinental, con capacidad a doble estiba.

Para este modo de transporte terrestre, los principales nodos identificados son la terminal intermodal del Puerto de Guaymas, el Puerto de Tucson y los puertos fronterizos de Nogales, Son y Mexicali, B.C.S. Estudios efectuados anteriormente, indican que prácticamente con la infraestructura existente, se estima la capacidad de la línea ferroviaria para soportar 14 trenes por día en ambas direcciones.

El transporte ferroviario podría tener importancia estratégica para la viabilidad de nuevos proyectos, La orientación del corredor como tránsito entre los grandes mercados de Lejano Oriente y Norteamérica, impone la necesidad de contar con una conexión hacia la red de distribución ferroviaria de los principales destinos al interior de Estados Unidos.

Las vías del ferrocarril podrían tener suficiente capacidad para aumentar el flujo de trenes por día; el punto de interconexión de Empalme, muy cercano al puerto de Guaymas, cuenta con capacidad disponible para transportación vía FERROMEX, al tiempo que en la caso de Unión Pacific en Tucson, el flujo de trenes es posible sin representar problemas para el Corredor.

El 29 de abril del 2009, se autorizo la incorporación del corredor multimodal Guaymas-Mexicali dentro del Acuerdo de Concertación para el Desarrollo de Corredores Multimodales del país, apoyado en el artículo 131 de la Ley Aduanera, se podrá promover el tránsito internacional por ferrocarril entre las aduanas de Guaymas y Mexicali, con el objetivo de hacer más eficiente la interconexión de servicios de infraestructura y logística a el paso de la carga que transita por las vías de comunicación de nuestro país, el corredor Guaymas- Mexicali el cual dio inicio con el movimiento de fertilizantes de la empresa Cortez Transfert, desde su instalación en el Puerto, hasta el área de California y Arizona.

Cabe señalar que el puerto cuenta con el beneficio de la tasa cero en el IVA.