En el año de 1989, se creó el órgano desconcentrado de la SCT, Puertos Mexicanos, el cual tenía entre sus objetivos principales los siguientes:

• Planear, programar y ejecutar acciones para el desarrollo portuario nacional.
• Proponer la delimitación de los recintos portuarios.
• Construir, ampliar y determinar las especificaciones técnicas del equipo marítimo y portuario.
• Promover y contribuir al equipamiento de los puertos.

Puertos Mexicanos se convirtió por primera vez, en una Entidad capaz de disponer con los recursos financieros que se generaban en los puertos, a través de la recaudación de derechos por el uso de infraestructura portuaria (puerto, atraque, muellaje y almacenaje), al tiempo que agrupó funciones de varias dependencias que tenían relación con los puertos, facilitando y simplificando de esta manera, los trámites a realizar por los usuarios.

Las acciones emprendidas por Puertos Mexicanos dieron pie a la reestructuración de los puertos del país, a partir de la promulgación de la Ley de Puertos en junio de 1993.

• Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos (en formato PDF).  
• Ley de Puertos (en formato PDF).  
• Reglamento de la Ley de Puertos (en formato PDF).